Hội áp dụng cơ cấu quản trị học thuật phân tầng, tách biệt "tư vấn chiến lược" và "thẩm định cụ thể": Hội đồng Cố vấn định hướng, Hội đồng Chuyên gia chủ trì thẩm định, vừa bảo đảm nắm bắt phương hướng, vừa giữ tính độc lập của việc thẩm định.
Hội đồng Cố vấn là cấp tư vấn chiến lược của Hội, gồm các học giả kỳ cựu và đại diện ngành, tư vấn về phương hướng phát triển, các vấn đề trọng đại và hợp tác quốc tế,không tham gia chấm điểm thẩm định bất kỳ đề tài hay giải thưởng nào; nó với Hồ sơ chuyên gia các chuyên gia thẩm định ba cấp (khách mời đặc biệt / cao cấp / nghiên cứu) độc lập với nhau, chức trách khác nhau — cố vấn định hướng, chuyên gia thẩm định làm công tác đánh giá.
Hội tổ chức công tác tư vấn và thẩm định học thuật theo ba tầng "Hội đồng Cố vấn — Hội đồng Chuyên gia — Tổ Thẩm định Chuyên ngành": tầng cố vấn định hướng, tầng chuyên gia chủ trì thẩm định, tổ thẩm định đảm nhận sơ thẩm và phúc thẩm chuyên môn, các tầng nối tiếp nhau, mỗi cấp một chức trách và độc lập với nhau để tránh xung đột lợi ích.Tác dụng của việc phân tầng này nằm ở chỗ——để các phương hướng trọng đại có cố vấn kỳ cựu kiểm soát, để mỗi lần thẩm định đều do chuyên gia đúng lĩnh vực độc lập hoàn thành, để toàn bộ quy trình có thể truy vết và giám sát.
Do các học giả kỳ cựu có tầm ảnh hưởng và đại diện ngành đảm nhiệm, cung cấp tư vấn chiến lược và chuyên môn về phương hướng phát triển của Hội, các vấn đề nghiên cứu trọng đại, hợp tác quốc tế và quy hoạch thường niên. Hội đồng Cố vấn không can dự vào việc chấm điểm thẩm định bất kỳ đề tài hay giải thưởng cụ thể nào, qua đó giữ tách biệt với công tác thẩm định, bảo đảm việc thẩm định không bị chi phối bởi ý kiến của cấp chiến lược. Các ủy viên được liệt kê theo chức vụ và cơ quan, trong nhiệm kỳ định kỳ tham dự các cuộc họp tư vấn về những vấn đề trọng đại của Hội.
Được cấu thành từ các chuyên gia cao cấp thuộc bốn hướng nghiên cứu trọng điểm, đây là cơ quan nòng cốt của công tác thẩm định học thuật. Hội đồng chủ trì thẩm định đồng cấp đối với các đề tài, thành quả nghiên cứu, sách trắng và Giải thưởng Kinh tế Kim Âu; xây dựng và thực thi tiêu chuẩn cùng quy trình đánh giá; tổng hợp ý kiến của các nhóm thẩm định để hình thành kết luận tập thể. Hội đồng áp dụng hệ thống chuyên gia ba cấp (mời đặc biệt / cao cấp / chuyên gia nghiên cứu) cùng cơ chế rà soát và bổ sung hằng năm; các chuyên gia trong danh sách được đăng ký tại kho hồ sơ chuyên gia và được phân công nhiệm vụ thẩm định theo từng hướng.
Được phân lập theo bốn hướng gồm kinh tế tư nhân và doanh nghiệp vừa và nhỏ, kinh tế số và đổi mới tài chính, hội nhập kinh tế quốc tế, kinh tế khu vực Nam Bộ và Đồng bằng sông Cửu Long; các nhóm đảm nhận việc sơ khảo độc lập và phúc khảo chéo đối với đề tài và hồ sơ dự tuyển thuộc lĩnh vực tương ứng. Các nhóm thẩm định trực tiếp tiếp cận tài liệu chuyên môn, đưa ra đánh giá và chấm điểm trực tiếp, là cấp gần nhất với tuyến đầu nghiên cứu trong chuỗi thẩm định.
Sáu nguyên tắc xuyên suốt toàn bộ quá trình vận hành của cơ cấu ba cấp, bảo đảm tư vấn và thẩm định vừa phân công gắn kết, vừa độc lập với nhau.
Công tác thẩm định không chịu sự can thiệp của hành chính, nhà tài trợ hay bất kỳ yếu tố bên ngoài nào; cấp cố vấn phụ trách tư vấn chiến lược, không tham gia chấm điểm đánh giá đối với các đề tài và giải thưởng cụ thể, qua đó giữ khoảng cách với công tác thẩm định, bảo đảm kết luận chỉ dựa trên phán đoán chuyên môn.
Thành viên các cấp được trình bày theo chức vụ và cơ quan, không nhân danh cá nhân đại diện cho kết luận thẩm định đối ngoại; việc công bố ra bên ngoài được thực hiện nhân danh tổ chức, bảo đảm tính uy tín và nhất quán của kết luận.
Thành viên các cấp chủ động khai báo trước khi thẩm định và tự tránh những vấn đề có liên quan lợi ích với bản thân, bao gồm quan hệ thầy trò, đồng nghiệp, hợp tác và cạnh tranh; thành viên thuộc diện phải tránh sẽ không tham gia thảo luận và biểu quyết về vấn đề liên quan.
Có nghĩa vụ bảo mật đối với tài liệu đánh giá và kết luận chưa công bố; ý kiến, điểm số và nghị quyết ở từng khâu đều được lưu vết và lưu trữ, kết luận có thể phúc tra, truy nguyên và chịu sự giám sát của Ban Kiểm soát.
Các vấn đề thẩm định quan trọng và kết luận đánh giá cuối cùng được quyết định qua thảo luận tập thể và biểu quyết theo quy tắc, tránh do cá nhân quyết định; ý kiến của các nhóm thẩm định chuyên ngành phải được tổng hợp lên Hội đồng Chuyên gia để hình thành kết luận tập thể.
Cơ cấu chuyên gia được rà soát và bổ sung hằng năm, điều chỉnh linh hoạt theo tuyến đầu nghiên cứu và mức độ tham gia, duy trì tính chuyên môn và tính đại diện của lực lượng thẩm định ở từng hướng.